=В результате чего исчезли многие пруды? Ответ поясните на примерах.=
Их закопали/спустили. Патриаршие и Чистые пруды на самом деле представляют собой по одному пруду. Остальные куда-то делись.
Более глубокий экскурс в волнующую историю московской лимологии, надо полагать, сможет провести только сам автор вопроса.

Из притоков Москвы-реки, видимо, следовало назвать Сходню, Сетунь, Яузу и Городню как сохранившиеся "в натуре". Впрочем, вопрос неоднозначно трактуется: труба с водой из Неглинной в Москву-реку впадает - вот и как эту трубу считать? А по большому счету самое интересное с речками - это засыпанные ближе к окраинам Москвы небольшие речки (типа Невершки/Навершки в Очаково), но они все не притоки Москвы-реки, впадают в Сетунь или ее притоки на юге и западе, в Яузу и её притоки на востоке и северо-востоке.
То же относится и к прудам. Больше всего их сохранилось не в центре (выше названы известные), а по окраинам. И,в отличие от рек и речек, они неплохо сохранились,хоть и изменили функцию на рекреационную почти сплошь (Борисовские, Серебряно-Виноградный, Очаковские, Пионерские, Головинские, Бекет - это из тех, что имеют названия). Тут вот что интересно: больше прудов на юге на подпруженных притоках Сетуни и Городни (на Чертановке, на Раменке, на Самородинке...). В на северо-востоке в бассейне Яузы, где речек тоже порядочно (Чермянка или Лихоборка чего стоят!), прудов поменьше,да и остались они только по паркам (в ТСХА, Головино, ВДНХ+БотСаду, Сокольниках). А на юго-западе - среди жилых кварталов.

Подумав пару дней))
Так, может, наоборот, среднестатистический школьник, особенно имея карту Москвы, может догадаться, что в результате хоз.деятельности человека как раз многие пруды и возникли - для обслуживания промпредприятий, например, это раз, для рекреации при усадьбах и парках - это два. А?